宇宙的新秩序耗费了将近一个世纪的漫长岁月才再度被重新整建，而人类的视线也已经完全脱离了地球。公元2801年，政治统一中枢，由地球迁移至毕宿5第二行星德奥里亚，在那里发表了银河联邦创立宣言。同年改纪元为宇宙历元年，并开始向银河系的深处及其边境无止境地拓展。

　　在自由行星同盟蓬勃发展之际，双方的武力在没有准备的情况下遭遇。相对于早有心理准备的同盟方面，对帝国方面而言，无疑是晴天霹雳。完全没心理准备的帝国舰队被打得全军覆没，被中子光束炮直接击中，在化为或球消灭之前，帝国军的战舰对帝国本星发出紧急联络信号。而惊讶的银河帝国的官员从电脑中取出陈旧的记录，帝国军才赫然发现至少在一世纪以前逃离牛郎星的叛逃份子竟然还活着，而且更变成强大的敌人，从此双方展开近两百年的争战。

　　在游戏模式方面，本作中也将搭载“战役模式”与“单人模式”两个部份 玩家在游戏中，可以选择帝国军或是同盟军阵营，从莱茵哈特或是杨威利的观点，根据小说版的故事剧情来参与战斗;玩家可以藉由观察战况，给予各舰队命令指示，目前规画玩家最多可同时指挥4个舰队，每个舰队将有数百艘舰艇，场面相当壮阔。