机身右侧顶部是液晶屏，可以显示各种信息。另外在快门按钮周围是电源开关，其后是曝光补偿和调光修正按键，这样的设计和尼康D100非常相似。
机身左侧是模式盘位置，除了P?S?A?M等模式外还有着CSM的ISO感光度的独立模式，ISO感光度的设定未尝简单，不过要留意影响快门的操作，这点也和尼康D100相似。模式盘后侧是自动曝光和闪光灯开关。
机身右侧视图，包括快门、电源、曝光等按键。
左侧模式盘视图，除了曝光模式外还可以设定ISO感光度，另外还支持自动曝光和闪光灯的开关。
背部的十字组合键设计非常宽大，操作起来很舒服。背部还有着有MENU/OK按钮和BACK等按键。下方是存储卡安放位。这样的设计使液晶屏被安放在机身背部。值得一提的是十字组合键盘整合了AF·AE锁定键，此外还支持多点测光、中央测光和点测光等多种测光模式选择。
正如上方的图片所描述的一样，液晶屏被保护在透明塑料结构内。这样的设计可以使液晶屏表面非常清晰的看到。另外对于数字单反相机来说，液晶屏幕左侧也有着多个按键，不过S3 Pro只有着播放键。左侧还有着Func键和相关的4个按键。这样的设计基本延续了S1 Pro的风格。
背部完全是富士原创设计，十字组合键和菜单以及确定键的设计很得体。
液晶面板被设计在机身左侧，上方有4个按键可以辅助操作。
